GROMACS計算所有C-alpha的距離

參考《模擬Tryptophan cage的分子動態》，做這個蛋白質分子模擬1 ns，最後會得到configuration file "md.tpr"與trajectory file "md.xtc"這兩個檔案。使用pairdist這個指令來計算此蛋白質中任意兩兩C-alpha原子之間的距離，存放在pairdist.xvg這個檔案中：

• gmx pairdist -s md.tpr -f md.xtc -o pairdist.xvg -ref "group \"C-alpha\"" -refgrouping none -sel "group \"C-alpha\"" -selgrouping none

上面指令的參數意思分別是：

• md.tp：configuration file
• md.xtc：trajectory file
• pairdist.xvg ：任意兩兩C-alpha原子之間的距離存放在這邊。參考pairdist的說明，如果reference有N群 （r1, r2 ... rN）、selection有M群 （s1, s2 ... sN），那總共就會有1 + N*M個欄位。第一個欄位是時間，後面接的就是距離r1-s1, r2-s1 ... rN-s1 再來是 r1-s2, r2-s2 ... rN-s2、...、r1-sM, r2-sM ... rN-sM
• -ref "group \"C-alpha\""：reference points是C-alpha原子
• -sel "group \"C-alpha\""：比較的對象是C-alpha原子
• -refgrouping none：把reference group拆成一個一個比較
• -selgrouping none：把selection group拆成一個一個比較

若是想要手動選取，參考GROMACS selection語法《Selection syntax and usage》。下面橘色的部分是輸入的指令，黑色是程式會給的回應，紅色是組合鍵：

$ gmx pairdist -s md.tpr -f md.xtc -o pairdist.xvg
...
(Reference positions to calculate distances from):
(one per line, <enter> for status/groups, 'help' for help)
> group "C-alpha" and residue 6
... Specify any number of selections for option 'sel'
(Positions to calculate distances for):
(one per line, <enter> for status/groups, 'help' for help, Ctrl-D to end)
> group "C-alpha" and residue 1
> group "C-alpha" and residue 6
> group "C-alpha" and residue 20
> Ctrl-D

上述指令計算residue 6的C-alpha與其他三個residue 1, 6, 20的C-alpha之間的距離

_EOF_