2017年5月23日 星期二

蛋白質資料庫(PDB)簡介

蛋白質資料庫(Protein Data Bank, PDB),是存放蛋白質、或是生物巨分子立體結構的資料庫。其中Worldwide PDB (wwPDB) 這個組織存放所有結構資訊並確保這些資料可以被公眾自由存取,而來自世界各地的wwPDB members,會有自己的網站來提供大眾各自的服務

簡單說就是同份資料(由wwPDB統合),各自表述(由wwPDB members各自做網站):
  • PDBj (Protein Data Bank Japan): 日本版,有日文、中文與韓文版本
  • BMRB (Biological Magnetic Resonance Data Bank):提供與NMR實驗相關結果,包含chemical shift, coupling constants, hydrogen exchange rates, pKa values, and relaxation parameters
  • PDBe (Protein Data Bank in Europe):歐洲版,提供一些進階服務像是PDBePISA, PDBeFold, PDBeMotif等等
  • RCSB PDB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank):美國版,有做行動版App、一些視覺化工具可用,還有不錯的教學資源
若對PDB這個資料庫不熟悉,或是不知道什麼叫做生物巨分子裡體結構,可以先從RCSB PDB的教學資源像是PDB-101Molecular of the Month開始入門

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