安裝GROMACS-2016.2在CentOS 7

編譯過程參照《Fedora25上編譯GROMACS-2016.2》，cmake參數：

1. cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx2016.2-cuda8.0 -DGMX_GPU=ON  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0

意思是

1. 編譯GROMACS-2016.2，GPU加速使用CUDA-8.0。安裝位置是/opt/gmx2016.2-cuda8.0，大小是54M

要跑之前記得做

• sudo nvidia-smi --applications-clocks-permission=UNRESTRICTED
• source /opt/gmx2016.2-cuda8.0/bin/GMXRC

_EOF_