看GROMACS的binary files的內容

用GROMACS跑分子模擬時，許多檔案都會存成binary files（簡單說就是給機器讀的檔案、人沒辦法讀）。這些檔案包含了：

• Portable xdr run input file：以 .tpr 結尾
• Trajectory files：以 .xtc, .trr 結尾
• Energy file：以 .edr 結尾
• Checkpoint file：以 .cpt 結尾
• Hessian matrix：以 .mtx 結尾

在GROMACS-5.1.2裡面，使用 gmx dump 這個指令，可以把binary files變成text files，這樣才能夠讀的懂內容。例如說下面的指令把 md.tpr 轉成 md.tpr.ascii：

• gmx dump -s md.tpr > md.tpr.ascii

去讀 md.tpr.ascii 就可以看到裡面包含了分子模擬的設定，分子的結構等等資訊。
目前遇到的問題是可以把 md.tpr 這個binary file轉成ascii file，但是卻沒有辦法把這個檔案轉回去。這個檔案的結構是Portable XDR format，也許要去參考grompp這個指令的原始碼，看是如何轉檔案的...

_EOF_