VanA，細菌對付萬古黴素的武器

既然萬古黴素（Vancomycin）會殺革蘭氏陽性菌，細菌也有一套方式來抵抗萬古黴素。萬古黴素阻止肽聚糖的形成，因此細菌就產生萬古黴素無法辨識的肽聚糖，讓萬古黴素找不到攻擊目標。
原來的肽聚糖其胜肽末端拿來連結的部分是D-alanine-D-alanine peptide，這個部分是由D-alanine-D-alanine ligase來負責；細菌現在產生另外一種叫做VanA的蛋白質，本質是D-alanyl-D-lacate ligase，也就是說會把原來胜肽末端不加入alanine而是加入lactate group。由於末端變得不一樣，萬古黴素就沒辦法包住末端阻止肽聚糖的細胞壁生成。相關的細節請參考PDB-101的文章《Vancomycin》。下圖是VanA與D-alanyl-D-lacate ligase，可以看到兩者的結構其實很相像

VanA (top) and D-alanyl-D-lacate Ligase (bottom)

此圖片是用PyMOL生成，下載完兩個結構以後，使用cealign先把結構對齊
cealign 2dln, 1e4eA

然後使用Grid mode讓兩個蛋白質結構在左右，可以同時轉動
set grid_mode, 1

最後讓結構用緞帶方式顯示並根據二級結構上色。

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